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标题: 【上海校区】如何将Python自然语言处理速度提高100倍？ [打印本页]

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作者: 不二晨    时间: 2018-7-26 10:07
标题: 【上海校区】如何将Python自然语言处理速度提高100倍？
科创公司Hugging Face机器学习专家Thomas Wolf去年曾带领团队推出一款Python共指解析工具包NeuralCoref，用神经网络解析句子中的共同指代词。
工具包发布以后，Thomas收到了来自技术社区的积极反馈，但也发现了一个大问题：工具包在处理对话信息是反应迅速，但处理文本较长的新闻文章时速度就变得非常缓慢。
最终，Thomas经过种种努力解决了这个问题，推出的NeuralCoref新版在保证准确率的同时，将处理速度提升了100倍！而且，工具包依然易于使用，也符合Python库的生态环境。
Thomas 随后将他解决这个问题的心得总结了出来，把如何将Python自然语言处理速度提高100倍的经验分享给大家，其中涉及：

• 怎样才能用Python设计出一个高效率模块
• 怎样利用好 spaCy 的内置数据结构，从而设计出超高效的自然语言处理函数
  

在本文，Thomas将讲解如何利用 Cython 和 spaCy 让 Python 在自然语言处理任务中的速度提高百倍。


开始前，我（作者Thomas Wolf——译者注）得承认文章略微有些标题党，因为虽然我们会讨论Python，但也会包含一些Cython技巧。不过，你知道吗？Cython就是Python的超集啊，所以不要被它吓跑！
你当前所写的Python项目已经算是一种Cython项目了。下面是一些你可能需要本文所说Python加速策略的情况：

• 你在用Python开发一款用于NLP任务的产品模块。
• 你在用Python计算一个大型NLP数据集的分析数据。
• 你在为PyTorch/TensorFlow这样的深度学习框架预处理大型训练数据集，或你的深度学习模型的批次加载器（batch loader）采用了非常复杂的处理逻辑，严重减缓了你的训练时间。
  

实现百倍加速第一步：分析代码第一件你需要知道的事情就是，你的大部分代码在纯Python环境都能运行良好，但其中的一些性能瓶颈问题，只要你略表“关切”，就能让程序的速度加速几个量级。
因此，你应该着手分析你的Python代码，找到那些运行很慢的部分。解决这个问题的一种方法就是使用cProfile：
import cProfileimport pstatsimport my_slow_modulecProfile.run('my_slow_module.run()', 'restats')p = pstats.Stats('restats')p.sort_stats('cumulative').print_stats(30)复制代码你会发现运行缓慢的部分基本就是一些循环，或者你用的神经网络里有太多的Numpy数组操作（这里就不再详细讨论Numpy的问题了，因为已经有很多这方面的分析资料）。
那么，我们该怎么加速这些循环？
借助一点Cython技巧，为Python中的循环提速我们以一个简单的例子讲解一下。比方说我们有很多矩形，将它们保存为一列Python对象，比如Rectangle类的实例。我们模块的主要工作就是迭代该列表，计算有多少矩形的面积大于所设阙值。 我们的Python模块会非常简单，就像这样：
from random import randomclass Rectangle:    def __init__(self, w, h):        self.w = w        self.h = h    def area(self):        return self.w * self.hdef check_rectangles(rectangles, threshold):    n_out = 0    for rectangle in rectangles:        if rectangle.area() > threshold:            n_out += 1    return n_outdef main():    n_rectangles = 10000000    rectangles = list(Rectangle(random(), random()) for i in range(n_rectangles))    n_out = check_rectangles(rectangles, threshold=0.25)print(n_out)复制代码这里的Check_rectangles函数就是我们要解决的瓶颈！它循环了大量的Python对象，这会变得非常慢，因为Python迭代器每次迭代时都要在背后做大量工作（查询类中的area方法，打包和解包参数，调取Python API···）。
这里我们可以借助Cython帮我们加快循环速度。Cython语言是Python的超集，Python包含两种对象：

• Python对象就是我们在常规Python中操作的对象，比如数字、字符串、列表、类实例···
• Cython C对象是C或C++对象，比如双精度、整型、浮点数、结构和向量，Cython能以运行超快的低级代码编译它们。
  

这里的循环我们使用Cython循环就能获得更快的运行速度，而我们只需获取Cython C对象。
设计这种循环的一个直接方法就是定义C结构，它会包含我们计算中所需的全部东西：在我们这里所举的例子中，就是矩形的长和宽。
然后我们将矩形列表保存在所定义的C结构的数组中，我们会将数组传入check_rectangle函数中。该函数现在必需接受C数组作为输入，这样就会被定义为Cython函数，使用cdef关键字而非def（cdef也用于定义Cython C对象）。
这里是我们的Python模块的高速Cython版的样子：
from cymem.cymem cimport Poolfrom random import randomcdef struct Rectangle:    float w    float hcdef int check_rectangles(Rectangle* rectangles, int n_rectangles, float threshold):    cdef int n_out = 0    # C arrays contain no size information => we need to give it explicitly    for rectangle in rectangles[:n_rectangles]:        if rectangle.w * rectangle.h > threshold:            n_out += 1    return n_outdef main():    cdef:        int n_rectangles = 10000000        float threshold = 0.25        Pool mem = Pool()        Rectangle* rectangles = <Rectangle*>mem.alloc(n_rectangles, sizeof(Rectangle))    for i in range(n_rectangles):        rectangles.w = random()        rectangles.h = random()    n_out = check_rectangles(rectangles, n_rectangles, threshold)print(n_out)复制代码这里我们使用C指针的原生数组，但是你也可以选择其他选项，尤其是C++结构，比如向量、二元组、队列之类。在这里的脚本中，我还使用了cymem的很方面的Pool()内存管理对象，避免了必须手动释放所申请的C数组内存空间。当Python不再需要Pool时，它会自动释放我们用它申请时所占的内存。
我们试试代码！ 我们有很多种方法可以测试、编辑和分发Cython代码！Cython甚至还能像Python一样直接在Jupyter Notebook中使用。
用pip install cython安装Cython。


首先在Jupyter中测试在Jupyter notebook中用%load_ext Cython加载Cython扩展项。
现在我们就可以用神奇的命令%%cython像写Python代码一样编写Cython代码。
如果你在执行Cython代码块时出现了编译错误，一定要检查一下Jupyter终端输出，看看信息是否完整。
大多数时候你可能会编译成C++时，在 %%cython后面漏掉了 a-+ 标签（例如在你使用spaCy Cython API时），或者如果编译器出现关于Numpy的报错，你可能是遗漏了import Numpy。
编写、使用和分发Cython代码Cython代码编写为.pyx文件。这些文件被Cython编译器编译为C或C++文件，然后进一步由系统的C编译器编译为字节码文件。接着，字节码文件就能被Python解释器使用了。
你可以在Python里直接用pyximport加载.pyx文件：
>>> import pyximport; pyximport.install()>>> import my_cython_module复制代码你也可以将自己的Cython代码创建为Python包，将其作为正常Python包导入或分发。这部分工作或花费一点时间。如果你需要一个工作示例，spaCy的安装脚本是比较详细的例子。
在我们讲NLP之前，先快速说说def,cdef和cpdef关键字，因为它们是你着手使用Cython需要理解的主要知识点。
你可以在Cython中使用3种类型的函数：

• Python函数是用常见关键字def定义的。它的输入和输出均为Python对象。在函数内部既可以使用Python对象，也能使用C/C++对象，同样能调用Python和Cython函数。
  
• Cython函数是以关键字cdef定义的。可以将Python和C/C++对象作为输入和输出，也能在内部操作它们。Cython函数不能从Python环境中直接访问（Python解释器和其它纯Python模块会导入你的Cython模块），但能被其它Cython模块导入。
  
• Cython 函数用cpdef关键字定义时和cdef定义的函数一样，但它们带有Python包装器，因此从Python环境（Python对象为输入和输出）和其它Cython模块（C/C ++或Python对象为输入）中都能调用它们。
  
  

Cdef关键字还有另一个用途，即在代码中输入Cython C/C ++。如果你没有用该关键字输入你的对象，它们会被当成Python对象（这样就会延缓访问速度）。
使用Cython和spaCy加快解决NLP问题的速度现在一切进行的很好也很快，但是···我们还没涉及自然语言处理任务呢！没有字符串操作，没有Unicode编码，也没有我们在自然语言处理中能够使用的妙计。
总的来说，除非你很清楚自己所做的任务，不然就不要使用C类型字符串，而是使用Python字符串对象。
所以，我们操作字符串时，该怎样设计Cython中的快速循环呢？
spaCy是我们的“护身符”。spaCy解决这个问题的方式非常智能。
将所有字符串转换为64位哈希码在spaCy中，所有的Unicode字符串（token的文本，它的小写形式文本，POS 标记标签、解析树依赖标签、命名实体标签等等）都被存储在一个叫StringStore的单数据结构中，可以被64位哈希码索引，也就是C类型unit64_t 。
StringStore对象实现了Python unicode 字符串与 64 位哈希码之间的查找映射。
它可以从 spaCy 的任何地方和任意对象进行访问（如下图所示），比如 npl.vocab.strings、doc.vocab.strings 或者 span.doc.vocab.string。


当某个模块需要在某些tokens上获得更快的处理速度时，就可以使用 C 语言类型的 64 位哈希码代替字符串来实现。调用 StringStore 查找表将返回与该哈希码相关联的 Python unicode 字符串。
但是spaCy的作用不止如此，它还能让我们获取文档和词汇表的完全填充的C语言类型结构，我们可以在Cython循环中用到这一点，而不必创建我们自己的结构。
spaCy的内部数据结构 和spaCy相关的主要数据结构是Doc对象，它有被处理的字符串的token序列，它在C语言类型对象中的所有注释都被称为doc.c，是为TokenC结构的数组。
TokenC结构包含了我们关于每个token所需的全部信息。该信息以64位哈希码的形式保存，能够与我们刚刚看到的Unicode字符串重新关联。
如果想看看这些C类型结构中到底有什么，只需查看新建的spaCy的Cython API doc即可。
我们接下来看一个简单的自然语言处理的例子。
使用spaCy和Cython快速执行自然语言处理任务 假设我们有一个文本文档数据集需要分析。
下面是我写的一段脚本，创建一个列表，包含10个由spaCy解析的文档，每个文档包含大约17万个词汇。我们也可以解析17万份文档，每份文档包含10个词汇（就像对话框数据集），但这种创建方式要慢的多，所以我们还是采取10份文档的形式。
import urllib.requestimport spacywith urllib.request.urlopen('https://raw.githubusercontent.com/pytorch/examples/master/word_language_model/data/wikitext-2/valid.txt') as response:   text = response.read()nlp = spacy.load('en')doc_list = list(nlp(text[:800000].decode('utf8')) for i in range(10))复制代码我们想用这个数据集执行一些自然语言处理任务。例如，我们想计算词汇“run”在数据集中用作名词的次数（比如，被 spaCy 标记为「NN」词性标签）。
使用Python 循环实现上述分析的过程非常简单直接：
def slow_loop(doc_list, word, tag):    n_out = 0    for doc in doc_list:        for tok in doc:            if tok.lower_ == word and tok.tag_ == tag:                n_out += 1    return n_outdef main_nlp_slow(doc_list):    n_out = slow_loop(doc_list, 'run', 'NN')print(n_out)复制代码但是它运行的非常慢！在我的笔记本上，这点代码花了1.4秒才得到结果。如果我们有数百万份文档，就需要花费一天多的时间才能得到答案。
我们可以使用多线程处理，但在Python中这通常也不是个很好的解决方法，因为你必须处理GIL问题（GIL即global interpreter lock，全局解释器锁）。而且，Cython也能使用多线程！实际上，这可能是Cython中最棒的部分，因为Cython基本上能在后台直接调用OpenMP。这里不再详细讨论并行性的问题，可以点击这里查看更多信息。
接下来，我们用spaCy和Cython加快我们的Python代码的运行速度。
首先，我们必须考虑好数据结构。我们需要为数据集获取一个C类型数组，并有指针指向每个文档的TokenC数组。我们还需要将所用的测试字符串（“run”和“NN”）转换为64位哈希码。
如果我们处理过程中所需的全部数据都是C类型对象，然后我们可以以纯C语言的速度迭代整个数据集。
下面是可以用Cython和spaCy实现的示例：
%%cython -+import numpy # Sometime we have a fail to import numpy compilation error if we don't import numpyfrom cymem.cymem cimport Poolfrom spacy.tokens.doc cimport Docfrom spacy.typedefs cimport hash_tfrom spacy.structs cimport TokenCcdef struct DocElement:    TokenC* c    int lengthcdef int fast_loop(DocElement* docs, int n_docs, hash_t word, hash_t tag):    cdef int n_out = 0    for doc in docs[:n_docs]:        for c in doc.c[:doc.length]:            if c.lex.lower == word and c.tag == tag:                n_out += 1    return n_outdef main_nlp_fast(doc_list):    cdef int i, n_out, n_docs = len(doc_list)    cdef Pool mem = Pool()    cdef DocElement* docs = <DocElement*>mem.alloc(n_docs, sizeof(DocElement))    cdef Doc doc    for i, doc in enumerate(doc_list): # Populate our database structure        docs.c = doc.c        docs.length = (<Doc>doc).length    word_hash = doc.vocab.strings.add('run')    tag_hash = doc.vocab.strings.add('NN')    n_out = fast_loop(docs, n_docs, word_hash, tag_hash)print(n_out)复制代码代码有点长，因为我们必须在调用Cython函数

之前在main_nlp_fast之中声明和填充C结构。
但是代码的运行速度快了很多！在我的Jupyter notebook中，这段Cython代码运行速度大概只有20微秒，相比我们此前的完全由Python编写的循环，运行速度快了80倍。
使用Jupyter Notebook编写模块的速度同样令人瞩目，它可以和其它Python模块和函数自然地连接：20微秒内可处理多达170万个词汇，也就是说我们每秒处理的词汇数量高达8000万！
以上就是我们团队如何用Cython处理NLP任务的快速介绍，希望你能喜欢。
结语关于Cython，还有很多需要学习的知识，可以查看Cython官方教程获得大致的了解，以及spaCy上用于处理NLP任务的Cython内容。
如果你在你的代码中数次使用低级结构，相比每次填充C类型结构，更好的选择是围绕低级结构设计我们的Python代码，使用Cython扩展类型包装C类型结构。这也是大部分spaCy的构建方式，不仅运行速度快，内存消耗小，而且还能让我们很容易的连接外部Python库和函数。



链接：https://juejin.im/post/5b470a2e6fb9a04fcc448af2

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作者: 不二晨    时间: 2018-7-26 11:32
奈斯，很赞

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作者: 吴琼老师    时间: 2018-7-26 15:56

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