import java.util.*;
public class panduansushu {
public static void main(String args[]){
int x , y , j ;
boolean s = false ;
Scanner i = new Scanner(System.in);
System.out.print("请输入一个数：");
y = i.nextInt();
j = (int) y / 2 ;
for( x = 2 ; x <= j ; x++){
  s = y % x == 0 ;
  //System.out.println("测试1 s为"+s);
  if(s = true){
   System.out.println("此数不为素数");
   }
  else {
   s = false ;
  }
   }     
System.out.println("测试2 s为"+s);  
if(s = false){
    System.out.println("此数为素数");
      }  
  }
}

测试2的时候出现了问题

你的for循环有点乱.。不如把for循环改为这样：
for(x=2;x<=j;x++)
{
   s=y%x==0;
if(s)
{
System.out.println("此数不为素数");
}
else
{
System.out.println("此数是素数");
}
}
s本来就是boolean型，不用s=true；再说你用一个等号是赋值，即s总是true（个人见解，仅做参考）

if(s = true)这里不能这么写，你要么改成if(s==true)要么改成if(s).同理if(s=false)也要改，=是赋值运算符，是用来赋值的，不是用来判断的，判断相等要有双等号==。你既然判断当s为false时，为素数，那你就应该将s初始化为true，即先假设第一个数不是素数。