import java.io.*;

/**
* 复制文件或文件夹
*/
public class CopyDirectory {
        // 源文件夹
        static String url1 = "E:/360Downloads";
        // 目标文件夹
        static String url2 = "E:/temp360Downloads";

        public static void main(String args[]) throws IOException {
                // 创建目标文件夹
                (new File(url2)).mkdirs();
                // 获取源文件夹当前下的文件或目录
                File[] file = (new File(url1)).listFiles();
                for (int i = 0; i < file.length; i++) {
                        if (file[i].isFile()) {
                                // 复制文件
                                copyFile(file[i], new File(url2 + file[i].getName()));
                        }
                        if (file[i].isDirectory()) {
                                // 复制目录
                                String sourceDir = url1 + File.separator + file[i].getName();
                                String targetDir = url2 + File.separator + file[i].getName();
                                copyDirectiory(sourceDir, targetDir);
                        }
                }
        }

        // 复制文件
        public static void copyFile(File sourceFile, File targetFile)
                        throws IOException {
                // 新建文件输入流并对它进行缓冲
                FileInputStream input = new FileInputStream(sourceFile);
                BufferedInputStream inBuff = new BufferedInputStream(input);

                // 新建文件输出流并对它进行缓冲
                FileOutputStream output = new FileOutputStream(targetFile);
                BufferedOutputStream outBuff = new BufferedOutputStream(output);

                // 缓冲数组
                byte[] b = new byte[1024 * 5];
                int len;
                while ((len = inBuff.read(b)) != -1) {
                        outBuff.write(b, 0, len);
                }
                // 刷新此缓冲的输出流
                outBuff.flush();

                // 关闭流
                inBuff.close();
                outBuff.close();
                output.close();
                input.close();
        }

        // 复制文件夹
        public static void copyDirectiory(String sourceDir, String targetDir)
                        throws IOException {
                // 新建目标目录
                (new File(targetDir)).mkdirs();
                // 获取源文件夹当前下的文件或目录
                File[] file = (new File(sourceDir)).listFiles();
                for (int i = 0; i < file.length; i++) {
                        if (file[i].isFile()) {
                                // 源文件
                                File sourceFile = file[i];
                                // 目标文件
                                File targetFile = new File(
                                                new File(targetDir).getAbsolutePath() + File.separator
                                                                + file[i].getName());
                                copyFile(sourceFile, targetFile);
                        }
                        if (file[i].isDirectory()) {
                                // 准备复制的源文件夹
                                String dir1 = sourceDir + "/" + file[i].getName();
                                // 准备复制的目标文件夹
                                String dir2 = targetDir + "/" + file[i].getName();
                                copyDirectiory(dir1, dir2);
                        }
                }
        }
}

不错，有些代码还可以提高下复用性