区别在于创建对象的方式不一样，前者是使用类加载机制，Java中工厂模式经常使用newInstance来创建对象，因此从为什么要使用工厂模式上也可以找到具体答案。例如：
Class c = Class.forName(“A”);factory = (AInterface)c.newInstance();其中AInterface是A的接口
进一步，如果下面写，你可能会理解：
String className = readfromXMlConfig;//从xml 配置文件中获得字符串Class c = Class.forName(className);factory = (AInterface)c.newInstance();
从jvm的角度看，我们使用new的时候，这个要new的类可以没有加载；但是使用newInstance时候，就必须保证：1、这个类已经加载；2、这个类已经连接了。而完成上面两个步骤的正是class的静态方法forName（）方法，这个静态方法调用了启动类加载器（就是加载javaAPI的那个加载器）。
那么可以这样说，newInstance实际上是把new这个方式分解为两步,即，首先调用class的加载方法加载某个类，然后实例化。这样我们可以在调用class的静态加载方法forName时获得更好的灵活性，提供给了我们降耦的手段。

补充：
newInstance: 弱类型。低效率。只能调用无参构造。
new: 强类型。相对高效。能调用任何public构造。
newInstance()是实现IOC、反射、面对接口编程 和 依赖倒置 等技术方法的必然选择。
new 只能实现具体类的实例化，不适合于接口编程。

有缺陷的地方欢迎大神指摘，共同进步。

路过,感谢楼主分享.....