相似性：
Java和C#都是一门面向对象的语言，Java更多地借鉴了C++的优点，而摒弃了它的一些不太容易被人掌握的知识点（有些不能说是缺点），并且增加了一些自己的特点，而C#则是更多地借鉴了Java的优点，而增加了一些自己的特点。
个人猜测，在Java语言出现之前，C++被广泛使用，而且被认为容易使用，Java如此类似于C++，致使人们更容易接受；而现在Java是最广泛使用的，C#如此接近Java，则更容易吸引Java开发人员（仅仅是猜测）。也就是说Java站在C++的肩膀上，而C#站在了Java的肩膀上。
跨平台特性
跨平台特性的最大优点就是只要有相应的运行环境，同一个编译好的程序就能在上面运行，而不需要重新编译程序，它的缺点就是不能针对特定平台，所以不能充分利用平台特性，因而在性能上会有所降低，幸运的是现在的硬件比以前大大提高，这部分的降低在绝大部分情况下可以不用考虑。而且Java和C#都有自动垃圾回收机制，运行时环境可以自动清理不再使用的内存，减少了手动释放内存的风险。
Java的跨平台特性建立在可以跨越多个不同种类的操作系统平台，比如Windows、Linux、Unix等，但是需要注意的是不是说Java能在所有的系统上都能跨平台，必须实现在该操作系统上的Java运行时环境JRE才行，也就是说假如今天有人开发了一个前所未有的系统，这时候Java程序是不能在上面运行的——因为还没有针对这个操作系统的Java虚拟机（JVM），好在在当今绝大部分操作系统上都有针对该系统的JVM，所以它能“一次编译，到处运行”。
C#的跨平台则是建立跨Windows平台的基础上的（有一个针对非Windows的.net运行环境，不过好像还不是太好），不像以前Windows95下的程序到WindowsXP下就不能运行，或者WindowsXP下的程序到Windows95下也不能运行（这种情况居多），现在呢，只要安装一个.net framework（也就是.net程序的运行时环境），在Windows2003下编写的.net程序不用重新编译就能在Windows98下运行，只要这台安装Windows98的机子安装了.net程序的运行时环境。
这一个回合Java胜出。
语法特性
Java抛弃了指针，使用了包（package）的概念，导入包使用import语句，在Java中有几种非面向对象的数据类型，那就是byte、char、short、int、long、float、double这几种数据类型，在方法中传递时仅仅是传递它们的值，为了方便一些集合类的操作（它们存储的是对象类型），又增加了它们的包装类Byte、Char、Short、Integer、Long、Float、Double。
在Java中存在属性的概念，这些都是通过setXXX()、getXXX()来设置。
C#没有完全抛弃指针（在unsafe状态下还可以操作指针），对于类的管理采用了名称空间（namespace）的概念，并且还使用了out、ref等关键字，便于从一个方法返回多个结果，在C#中不仅存在属性，还有索引器等比较方便的特性。
生成文档doc文档
在利用程序中的特殊注释生成api文档方面，两种语言都有不错的表现，不过C#更胜一筹，它能利用注释在输入类成员时提示，便于程序员不用去看程序源码而知道程序的大概用途，而Java这方面没有。
IDE（集成开发环境）方面
Java的IDE是非常多，从庞大的Jbuilder到小巧的Jcreator，还有可以扩充的Eclipse，可以说Java的IDE的数量是非常多的。
C#的IDE不多，除了微软自己的VS.NET之外，好像还有Borland的C#Builder，除此之外，广为认知好像不多。
性能方面
Java采用了字节码(bytecode)，而C#则采用了MSIL，它们的性能都是介于解释型语言和生成本地机器代码之间的，在本人的测试中，C#的性能略高于Java，可能Java的字节码要适用多个系统多个平台的缘故吧。
企业开发方面
由于Java出现的时间长的缘故，并且还能跨平台，采用EJB等解决方案，所以目前绝大部分网站都是基于J2EE开发的（大部分都是J2EE+MySQL+Apache+Linux，都是免费的）。
C#做的大型网站，它也有针对EJB的Net Remoting技术，由于它限制了必须(IIS+Windows)，所以大型的网站不是太多，不过随着时间的推移，可能会有更多的网站采用asp.net技术。毕竟微软的东西一向傻瓜化，门槛低，能够吸引一些初级编程人员到这个行列中来。而且微软的asp.net采用了代码和页面分离技术，的确能方便编程人员。
总结：
记得有一句话，大意是这样的，Linux就像专业相机，拍摄出来的照片取决于你的摄影技术；而Windows就像傻瓜相机，只要会按快门就能拍照。我觉得Java就像Linux，添加一个按钮，一个标签都需要你指定样式，放置到哪里也需要你指定；而C#则继续秉承了Windows的特点，傻瓜化，便于操作，便于上手。
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