[我的日记] 基因表达网络分析工具

　　基因共表达网络(GeneCo-expreesion Network)是用来展现基因间相互作用关系的一种手段，是基于基因间表达数据而构建调控网络图。今天推荐一个查询基因共表达网络的分析工具：Coexpedia 。
　　Coexpedia简介
　　网址：http：//www.coexpedia.org/
　　首先打开网页是这样的：

　　Coexpedia目前包含大约800万个共表达基因，从384个人类GEO数据集和248个小鼠GEO数据集构建而来。
　　Coexpedia与其他共表达数据库的差别在于：
　　① 只包含通过功能关联的共表达;
　　②和特定生物学背景相关;
　　③与医学主题词(medicalsubject headings，MeSH)相关联，提供相关的生物医学信息。
　　Coexpedia 应该是首个整合MeSH术语的共表达数据库，MeSH是医学主题注释的主要来源，与之结合可以提高生物医学共表达信息的使用。
　　操作过程
　　点击Search，进入查询界面，物种只有人和小鼠，因为GEO数据库中还是这两个物种的数据较多。

　　以人为例，查询抑癌基因PTEN的基因共表达调控网络(当然你也可以查询多个基因的，方法类似)：

　　输入NCBI的Gene ID 或Symbol号，点 Submit 按钮即可。查询结果如下：

　　Coexpedia的结果不提供原始数据，但会提供三种格式的图片文件(PNG、PDF和SVG)，如下图，保存为PDF或SVG格式的图片更便于使用Ai(Adobe Illustrator)等矢量图软件对图形进行修改和优化。

　　图片的调整
　　如果对导出的结果不满意，可利用AI(Adobe Illustrator)调整背景，连线以及节点填充(或描边)颜色，调整方法参考《韦恩图的绘制与个性化调整》一文。这里重点介绍如何选择外观一致的图形，进行批量修改填充或描边的颜色。
　　方法是先选中一个要调整的图形，然后通过选择菜单的相同/ 颜色和描边选中所有的图中颜色相同椭圆，如下图，同理，也可通过相同 / 描边颜色，选中图中的“线”，更改颜色和粗细等。

　　调整后的结果如下图：

　　小结
　　一般绘制网络图，都是基于自己的基因表达谱数据。但是，想了解特定基因可能的共表达基因，也可以通过数据库查询，大量的共表达数据也使结果更可信。
　　对于某个未知功能的基因，可以通过Coexpedia查询与目标基因存在共表达的基因调控网络，根据共表达基因的功能，预测目标基因可能参与调控的疾病或通路等。
　　如果是其他物种或想画更复杂的网络图，可通过计算基因间表达相似性，利用Cytoscape软件(本地)和 OmicShare tools(在线) 绘制基因共表达网络图。

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