import java.io.BufferedInputStream;
import java.io.BufferedOutputStream;
import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;


public class Testk {
        public static void main(String[] args) throws IOException {
                copy("G:\\come");
        }

        /**
         * @param string
         */
        public static void copy(String string) {
               
                File file = new File(string);
                BufferedInputStream fim = null;
                BufferedOutputStream fo = null;
         File[]fi1=File.listRoots();
        for (File fi:fi1){////////////为什么只能执行到这里？
                if (fi.isFile()) {
                        String str = fi.getAbsolutePath();
                        try {
                                fim = new BufferedInputStream(new FileInputStream(str));
                        } catch (FileNotFoundException e1) {
                                // TODO Auto-generated catch block
                                e1.printStackTrace();
                        }
                        try {
                                fo = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream("E"+str.substring(1)));
                        } catch (FileNotFoundException e) {
                                // TODO Auto-generated catch block
                                e.printStackTrace();
                        }
                        int ch = 0;
                       
                        try {
                                while ((ch = fim.read()) != -1) {
                                        fo.write((char) ch);
                                }
                        } catch (IOException e) {
                                // TODO Auto-generated catch block
                                e.printStackTrace();
                        }
                       
                        if (file.isDirectory()) {
                                copy(string);
                        }
                }
        }
}
}

public class Testk {
        public static void main(String[] args) throws IOException {
                copy("F:\\come");
        }

        /**
         * @param string
         */
        public static void copy(String string) {
               
                File file = new File(string);
                BufferedInputStream fim = null;
                BufferedOutputStream fo = null;
         File[] fi1=file.listFiles();
        for (File fi:fi1){////////////为什么只能执行到这里？
                if (fi.isFile()) {
                        String str = fi.getAbsolutePath();
                        try {
                                fim = new BufferedInputStream(new FileInputStream(str));
                        } catch (FileNotFoundException e1) {
                                // TODO Auto-generated catch block
                                e1.printStackTrace();
                        }
                        try {
                                        String path =str.substring(1);
                                fo = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(new File("E"+path)));
                        } catch (FileNotFoundException e) {
                                // TODO Auto-generated catch block
                                e.printStackTrace();
                        }
                        int ch ;
                        
                        try {
                                while ((ch = fim.read()) != -1) {
                                        fo.write(ch);
                                }
                                fo.flush();
                        } catch (IOException e) {
                                // TODO Auto-generated catch block
                                e.printStackTrace();
                        }
                }   
                        else if (fi.isDirectory()) {
                                        String path =fi.getAbsolutePath().substring(1);
                                        new File("E"+path).mkdir();
                                copy(string+"\\"+fi.getName());
                        }
                }
        }
}
代码中加红线的第一句，FileOutputStream对象后面不管输出地方有没有已经建立好的文件或目录，还是用file新建一个，以免忘了提前建立文件或目录出错。
红线第二处代码，当检索到的file为目录时，要先在输出的盘符里建立相对应的目录，然后把当前目录迭代调用，如你代码。copy（string）那么它迭代的永远是G盘的come目录。