Integer iObj=3；自动装箱即把3封装为对象，装箱过程用new操作符生成对象了吗？这个数值3存在哪里？如果输出iObj的话输出结果是3，既然是引用类型的变量为什么输出地不是地址值？

自动转向是产生了对象的，和产生其他对象是一样的。一样也在堆内存中。
打印的时候是默认调用了Integer的toString()方法，这个方法返回一个表示该 Integer 值的 String 对象。将该参数转换为有符号的十进制表示形式，并以字符串的形式返回它，就好像将该整数值作为参数赋予 toString(int) 方法一样。

只要有新的对象生成，就一定是使用new关键字生成的，不管你看见还是没看见，对象存储在堆中。输出的时候应该是调用了tostring（）方法，将数字以字符串输出。有可能的话可以查看下Integer的源码，看看ToString（）是否是这样的