原理：将可能出现的多音字词组组合起来，用正确拼音当作其key，词组当作value，保存到一个Map集合中。使用PinYin4j获取汉字拼音时判断是否为多音字（返回数组的长度大于1），如果为多音字，用其拼音去 Map集合中查找，若有则取当前拼音为正确拼音。若到最后都没有找到，给其一个默认的拼音。

文件 : duoyinzi_dic.txt
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ting#町域町听
tong#垌
tui#褪色褪毛
tuo#拓拓宽拓荒开拓落拓拓展拓印
tun#屯囤积囤聚
wei#尾响尾尾巴尾灯船尾追尾尾椎月尾燕尾尾数年尾岁尾鸢尾凤尾彗尾尾翼结尾遗之龙尾齐鑫尾麻尾麦度鹿尾
wu#可恶交恶好恶厌恶憎恶嫌恶痛恶深恶
wan#藤蔓枝蔓瓜蔓蔓儿莞尔万百万萬
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xi#栖栖系关系星系水系系念体系联系系列菜系世系蹊蹊径溪洗
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xiang#巷街巷僻巷巷子龙门巷六巷龙湾巷龙港巷龙泉巷龙巷龙妙巷龄巷齐家巷鼓楼巷鼓巷黎明巷麻子巷麻园巷麦子巷鹊巷
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xun#荨荨麻荨麻疹
ya#芽
yao#发疟疟子约斤称约钥匙金钥耀
yan#吞咽咽气咽喉殷红腌腌制腌肉腌菜烟烟草名烟烟酒
ye#抽咽哽咽咽炎下咽呜咽幽咽悲咽叶绿叶叶子荷叶落叶菜叶红叶树叶枫叶茶叶葉鸿葉液
yi#自艾惩艾后尾遗屹
yin#殷殷勤殷墟殷切殷鉴
yo#杭育
yu#谷浑呼吁吁请吁求育体育教育育儿熨帖熨烫於
yuan#员
yun#熨熨斗电熨斗
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zhan#不粘粘贴粘连
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zhi#标识嘎吱咯吱吱扭吱吱繁殖增殖养生殖殖民枝
zhong#重重量鹏重种
zhou#粥
zhu#属意著录撰著名著专著著述著作显著昭著原著著名著书遗著论著著者编著卓著译著著称
zhua#爪
zhui#椎椎骨尾椎椎间腰椎胸椎颈椎脊椎
zhuo#执著着装着落着意着力附着着笔胶着着手着重穿着衣着执着着眼着墨着实沉着着陆着想着色
zhuang#幢房一幢幢楼
zi#吱声兹来兹今兹仔细仔猪
zu#足沐足足道
zuo#撮毛小撮柞绸柞蚕柞树柞木
zui#咀唇尖沙咀黄达咀黄土咀鹰咀

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import java.io.BufferedReader;    
import java.io.IOException;    
import java.io.InputStream;    
import java.io.InputStreamReader;    
import java.util.Arrays;    
import java.util.HashMap;    
import java.util.List;    
import java.util.Map;    

import net.sourceforge.pinyin4j.PinyinHelper;    
import net.sourceforge.pinyin4j.format.HanyuPinyinCaseType;    
import net.sourceforge.pinyin4j.format.HanyuPinyinOutputFormat;    
import net.sourceforge.pinyin4j.format.HanyuPinyinToneType;    
import net.sourceforge.pinyin4j.format.exception.BadHanyuPinyinOutputFormatCombination;    

/**  
 * 汉字转拼音，能处理多音字
 * 
 *   
 */    

public class ChineseToHanYuPYTest {    

    private static Map<String, List<String>> pinyinMap = new HashMap<String, List<String>>();    
    private static long count = 0;    

    public static void main(String[] args) {    

        String str = "中国银行长沙分行";    
//      String str = "龙港巷店";    

        initPinyin("/duoyinzi_dic.txt");    

        String py = convertChineseToPinyin(str);    
        System.out.println(str+" = "+py);    

    }    

    /**  
     * 将某个字符串的首字母大写
     * @param str  
     * @return  
     */    
    public static String convertInitialToUpperCase(String str){    
        if(str==null){    
            return null;    
        }    
        StringBuffer sb = new StringBuffer();    
        char[] arr = str.toCharArray();    
        for(int i=0;i<arr.length;i++){    
            char ch = arr[i];    
            if(i==0){    
                sb.append(String.valueOf(ch).toUpperCase());    
            }else{    
                sb.append(ch);    
            }    
        }    

        return sb.toString();    
    }    

    /**  
     * 汉字转拼音最大匹配优先
     * @param chinese  
     * @return  
     */    
    private static String convertChineseToPinyin(String chinese) {    

        StringBuffer pinyin = new StringBuffer();    

        HanyuPinyinOutputFormat defaultFormat = new HanyuPinyinOutputFormat();    
        defaultFormat.setCaseType(HanyuPinyinCaseType.LOWERCASE);    
        defaultFormat.setToneType(HanyuPinyinToneType.WITHOUT_TONE);    

        char[] arr = chinese.toCharArray();    

        for (int i = 0; i < arr.length; i++) {    

            char ch = arr[i];    

            if (ch > 128) { // 非ASCII码
                // 取得当前汉字的所有全拼
                try {    

                    String[] results = PinyinHelper.toHanyuPinyinStringArray(    
                            ch, defaultFormat);    

                    if (results == null) {  //非中文

                        return "";    
                    } else {    

                        int len = results.length;    

                        if (len == 1) { // 不是多音字

//                          pinyin.append(results[0]);    
                            String py = results[0];         
                            if(py.contains("u:")){  //过滤 u:    
                                py = py.replace("u:", "v");    
                                System.out.println("filter u:"+py);    
                            }    
                            pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));    

                        }else if(results[0].equals(results[1])){    //非多音字有多个音，取第一个

//                          pinyin.append(results[0]);    
                            pinyin.append(convertInitialToUpperCase(results[0]));    

                        }else { // 多音字

                            System.out.println("多音字："+ch);    

                            int length = chinese.length();    

                            boolean flag = false;    

                            String s = null;    

                            List<String> keyList =null;    

                            for (int x = 0; x < len; x++) {    

                                String py = results[x];    

                                if(py.contains("u:")){  //过滤 u:    
                                    py = py.replace("u:", "v");    
                                    System.out.println("filter u:"+py);    
                                }    

                                keyList = pinyinMap.get(py);    

                                if (i + 3 <= length) {   //后向匹配2个汉字大西洋
                                    s = chinese.substring(i, i + 3);    
                                    if (keyList != null && (keyList.contains(s))) {    
//                                  if (value != null && value.contains(s)) {    

                                        System.out.println("last 2 > " + py);    
//                                      pinyin.append(results[x]);    [/i][/i][i][i]                                         pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));    
                                        flag = true;    
                                        break;    
                                    }    
                                }    

                                if (i + 2 <= length) {   //后向匹配 1个汉字大西
                                    s = chinese.substring(i, i + 2);    
                                    if (keyList != null && (keyList.contains(s))) {    

                                        System.out.println("last 1 > " + py);    
//                                      pinyin.append(results[x]);    
                                        pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));    
                                        flag = true;    
                                        break;    
                                    }    
                                }    

                                if ((i - 2 >= 0) && (i+1<=length)) {  // 前向匹配2个汉字龙固大
                                    s = chinese.substring(i - 2, i+1);    
                                    if (keyList != null && (keyList.contains(s))) {    

                                        System.out.println("before 2 < " + py);    
//                                      pinyin.append(results[x]);    
                                        pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));    
                                        flag = true;    
                                        break;    
                                    }    
                                }    

                                if ((i - 1 >= 0) && (i+1<=length)) {  // 前向匹配1个汉字固大
                                    s = chinese.substring(i - 1, i+1);    
                                    if (keyList != null && (keyList.contains(s))) {    

                                        System.out.println("before 1 < " + py);    
//                                      pinyin.append(results[x]);    
                                        pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));    
                                        flag = true;    
                                        break;    
                                    }    
                                }    

                                if ((i - 1 >= 0) && (i+2<=length)) {  //前向1个，后向1个固大西
                                    s = chinese.substring(i - 1, i+2);    
                                    if (keyList != null && (keyList.contains(s))) {    

                                        System.out.println("before last 1 <> " + py);    
//                                      pinyin.append(results[x]);    
                                        pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));    
                                        flag = true;    
                                        break;    
                                    }    
                                }    
                            }    

                            if (!flag) {    //都没有找到，匹配默认的读音大

                                s = String.valueOf(ch);    

                                for (int x = 0; x < len; x++) {    

                                    String py = results[x];    

                                    if(py.contains("u:")){  //过滤 u:    
                                        py = py.replace("u:", "v");    
                                        System.out.println("filter u:");    
                                    }    

                                    keyList = pinyinMap.get(py);    

                                    if (keyList != null && (keyList.contains(s))) {    

                                        System.out.println("default = " + py);    
//                                      pinyin.append(results[x]);  //如果不需要拼音首字母大写，直接返回即可
                                        pinyin.append(convertInitialToUpperCase(py));//拼音首字母大写
                                        break;    
                                    }    
                                }    
                            }    
                        }    
                    }    

                } catch (BadHanyuPinyinOutputFormatCombination e) {    
                    e.printStackTrace();    
                }    
            } else {    
                pinyin.append(arr[i]);    
            }    
        }    
        return pinyin.toString();    
    }    

    /**  
     * 初始化所有的多音字词组
     *   
     * @param fileName  
     */    
    public static void initPinyin(String fileName) {    
        // 读取多音字的全部拼音表;    
        InputStream file = PinyinHelper.class.getResourceAsStream(fileName);    

        BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(file));    

        String s = null;    
        try {    
            while ((s = br.readLine()) != null) {    

                if (s != null) {    
                    String[] arr = s.split("#");    
                    String pinyin = arr[0];    
                    String chinese = arr[1];    

                    if(chinese!=null){    
                        String[] strs = chinese.split(" ");    
                        List<String> list = Arrays.asList(strs);    
                        pinyinMap.put(pinyin, list);    
                    }    
                }    
            }    

        } catch (IOException e) {    
            e.printStackTrace();    
        }finally{    
            try {    
                br.close();    
            } catch (IOException e) {    
                e.printStackTrace();    
            }    
        }    
    }    
}    

运行结果:
多音字：行
before 1 < hang
多音字：长
last 1 > chang
多音字：行
before 1 < hang

中国银行长沙分行 = ZhongGuoYinHangChangShaFenHang

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