String cmd = "sort -k1,1 -k4,4n zzzz.gtf >zzzz.sort.gtf";
Process process = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
process.waitFor();

java里调用Linux命令，为什么运行不成功。

Java 可以通过 Runtime 调用Linux命令，形式如下：

Runtime.getRuntime().exec(command)

调用 Runtime.exec 方法将产生一个本地的进程，并返回一个Process子类的实例（注意：Runtime.getRuntime().exec（command）返回的是一个Process类的实例）
1:首先你应该加上try{}catch(Exception e)语句起捕获和处理异常，因为java并不知道你设置的command有没有，可不可以执行。
2:在Window中，如果环境变量中加入了这个执行的执行路径的话，那么可以不执行这个执行的路径去执行，如果没有估计要指定路径或者在环境变量中设置.
3. 要查看是否被执行，已经执行的结果，可以使用Process实例去查看执行信息或结果，加上这个语句int status = p.exitValue();
4.另外给你一个参考路径，不知道这个能不能有帮助，http://www.servletsuite.com/servlets/shell.htm