InputStream in=System.in;//打印不出来aAzZ请教怎么回事？
                int ch=0;
                while(true){
                        
                        ch= in.read();
                        if(ch>65&&ch<90)
                        {
                                ch=ch+32;
                                
                                System.out.print((char)ch);
                        }
                        else if(ch>97&&ch<122)
                        {
                                ch=ch-32;

                                System.out.print((char)ch);
                        }
                        else
                        {
                                if(ch==13)
                                        continue;
                                if(ch==10)
                                        break;                                
                                System.out.print("");                        
                        }
                }               

少了四个等号：ch>=65&&ch<=90，ch>=97&&ch<=122

果然是，楼主你去查一下ASCII码表，别的可能不清楚，但是‘a’ASCII码是97，‘A’的是65这是肯定的，你没包含进去
if(ch>=65&&ch=<90)
                         {
                                 ch=ch+32;
                                 
                                 System.out.print((char)ch);
                         }
                         else if(ch>=97&&ch<=122)
                         {
                                 ch=ch-32;

                                 System.out.print((char)ch);
                         }